A rendszerváltást követően, 1990 őszén, a magyar jezsuita levéltár két Sectio-ja egyesült. A levéltárat újraalapítása 1991-ben történt meg, ez Lukács László jezsuita atya, történész nevéhez fűzödik, aki a római központi jezsuita levéltárból lemásolta a provinciálisok és generálisok levelezését. Mind a mai napig érkeznek vissza egykori jezsuita anyagok, bár a megyei levéltárakban őrzött anyag visszakérése a jezsuita rend esetében nem történt meg.